Mediawikiのアップデート
Mediawikiのデータベースがインポート出来ないって記事を以前に書きましたが、Mediawiki側のバグだったらしく、修正版がリリースされました。→アナウンス
Fixed installation on MyISAM or old InnoDB with charset=utf8, was giving overlong key errors.
というのが、それにあたるようです。
他にもいくつかバグフィックスされているので、アップデートしたほうが良いでしょう。